A Magyarországon folytatott korrupció elleni küzdelem fontos állomása volt 1996-ban a Transparency International magyarországi tagozatának megalapítása. Az egyesületi formában működő civil szervezet célja az volt, hogy a korrupció természetét, okait, különböző megnyilvánulási formáit kutató tényfeltáró munkával javaslatokat fogalmazzon meg a korrupció számára kedvezőtlen közgazdasági és jogi környezet kialakítására. Az intenzívebb kezdeti időszak után felmerült finanszírozási problémák következtében az egyesület közgyűlése 2005-ben elhatározta a szervezet jogutód nélküli megszüntetését. Figyelembe véve az egyesület megszűnéséhez vezető időszakot elmondható volt, hogy az utóbbi években Magyarországon nem létezett kifejezetten a korrupció megfékezésével foglalkozó civil szervezet, míg a demokratikus intézmények megfelelő működéséhez már akkor is elengedhetetlen volt a folyamatos civil kontroll.
A Transparency International nemzetközi titkársága által koordinált, a strukturális alapok átláthatóságát vizsgáló nemzetközi projektben több magyarországi kutató vett részt. A sikeres együttműködésre való tekintettel a program megvalósításában részt vevő szakemberek további szövetségeseket kerestek, és elhatározták, hogy új szervezet formájában létrehozzák a TI magyarországi tagozatát. A munkacsoport 2006 augusztusában kapta meg a Transparency International Nemzeti Kapcsolattartó (National Contact Point) státuszát. Ennek értelmében a munkacsoport vállalta, hogy Magyarországon lépéseket tesz a korrupció megfékezését célzó civil szervezet létrehozására, és tevékenységét a TI alapelvei és értékei mentén folytatja.
A Transparency International Magyarország Alapítványt 2006 októberében jegyezték be, és 2007 májusában kapta meg a TI „alakuló szekció” (Chapter in formation) státuszát. Az Alapítvány ügyvezető igazgatójának Alexa Noémit kérte fel a kuratórium. Két év eredményes működés és az akkreditációs folyamat lezárása után, 2009-ben vált a szervezet a Transparency International teljes jogú tagozatává. 2007 végén készült el a Nemzeti Integritás Tanulmány, amely megmutatta, hogy mely területeken a legsürgetőbb a korrupció elleni fellépés. A szakmai programok előkészítése és végrehajtása során a mai napig támaszkodunk e kutatás eredményeire.
Az alapítvány munkáját ötfős kuratórium vezeti, mely egyszerre lát el stratégiai tervezési és operatív funkciókat. Az alapítvány tevékenységét három-fős felügyelőbizottság ellenőrzi, és széleskörű szakmai tapasztalattal bíró tanácsadó testület segíti. A TI magyarországi tagozata anyagilag független a berlini központtól, azaz tevékenységének finanszírozási feltételeit önmaga teremti meg. Az alapítvány tevékenységét többek között nemzetközi alapokból, európai uniós forrásból, vállalati és egyéni támogatásokból fedezzük. (lásd: Partnereink) Munkánk során azonban jelentős mértékben támaszkodunk a TI nemzetközi hálózatának tapasztalataira, az általuk alkalmazott módszerekre és kutatási eredményeikre.
2011-ben Alexa Noémi szülési szabadsága miatt Földes Ádámnak, a szervezet korábbi jogi vezetőjének adta át az Alapítvány igazgatását.